Seit Aufstellung 1946 unterstand in der SBZ die Grenzpolizei der Länder verwaltungsmäßig dem Chef des jeweiligen Landespolizeiamtes und in allen operativen dienstlichen Fragen direkt dem jeweiligen Abschnittskommando der sowjetischen Truppen.
Auch nach DDR-Staatsgründung 1949 blieb die Grenzpolizei in operativer Hinsicht den Kommandeuren der sowjetischen Truppen auf Länderebene unterstellt, da sich die UdSSR, ähnlich wie die Westmächte gegenüber der Bundesrepublik, zunächst weiterhin alle Vollmachten für äußeren Schutz und innere Sicherheit vorbehielt. Erst ab 1. Dezember 1955 übernahm gemäß den Festlegungen des Staatsvertrags zwischen der UdSSR und der DDR (vom 20. September 1955) die Führung der Deutschen Grenzpolizei die volle Verantwortung für die Bewachung und Kontrolle der Staatsgrenzen der DDR. Seit August 1948 führte die Deutsche Verwaltung des Innern (DVdI) mit der Hauptabteilung Grenzpolizei und Bereitschaften (HA GP/B) die Grenzsicherungskräfte:
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