Es gab einige jüdische Gemeinden, deren Mitgliederzahl ständig schrumpfte. Juden in der DDR konnten aber ohne offenen Antisemitismus in Sicherheit leben. Andererseits lehnte die DDR jede Entschädigung für Holocaust-Überlebende ab, da sie sich zwar als Nachfolgestaat, nicht aber als Rechtsnachfolger des Deutschen Reiches sah. Wie alle Ostblockstaaten bezog die DDR Stellung gegen den "zionistischen Imperialismus" des Staates Israel. In den 1980er Jahren kümmerte die SED sich stärker um das jüdische Erbe und lud auch jüdische Organisationen ein.
Daneben gab es vereinzelt ab den 1980er Jahren buddhistische, hinduistische und muslimische Gruppen. Der Umgang mit paranormalen Vorstellungen und Praktiken in der DDR war mit starken Vorbehalten versehen, insbesondere im Vergleich mit der Sowjetunion. Die anthroposophische Bewegung wurde in der DDR vor allem im Umfeld der Christengemeinschaft weitergeführt. Eine besondere kirchenpolitische Rolle im SED-Staat hatte die esoterische Johannische Kirche.
Obwohl die Zahl religiös gebundener Menschen erheblich abnahm, blieben die Kirchen ein eigenständiger gesellschaftlicher Faktor. Ab 1989/90 fanden sich dann gerade in den evangelischen Kirchen als halböffentliche Versammlungsräumen viele Menschen ein, teilweise ohne selbst religiös zu sein, die zu Trägern der friedlichen Revolution in der DDR wurden.
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