Seit ihrer Gründung war der Verwaltungsaufbau der DDR durch eine starke Zentralgewalt geprägt. Zwar konstituierte die erste Verfassung von 1949 eine föderale Struktur mit den Ländern Mecklenburg, Brandenburg, Sachsen-Anhalt, Thüringen und Sachsen. Diese fünf Länder waren ursprünglich auch über ein eigenes Verfassungsorgan, die Länderkammer, an der Gesetzgebung der DDR beteiligt, zusätzlich hatte Ost-Berlin eine beratende Stimme. Dennoch war die DDR kein echter Bundesstaat, sondern, wie der Verfassungsrechtler Karl Brinkmann schreibt, "ein Einheitsstaat, überdies als gewaltenvereinigender, zentralistischer. Es bestand keinerlei Föderalismus, doch ein strenger Unitarismus".
Mit der Verwaltungsreform von 1952 wurden die Länder ihrer Funktion enthoben. Als neue mittlere Ebene der staatlichen Verwaltung traten 14 Bezirke an ihre Stelle. Zugleich wurde im Rahmen einer Kreisreform die Anzahl der Stadt- und Landkreise stark erhöht. 1958 wurden die Länder schließlich auch formal abgeschafft.
Laut Verfassung war Berlin die Hauptstadt der DDR, was einen Verstoß gegen die 1945 von den Alliierten getroffene Vereinbarung auf der Jalta-Konferenz darstellte. Obwohl nach dieser Gesamt-Berlin als Viersektorenstadt unter gemeinsamer alliierter Kontrolle keiner der Besatzungszonen und damit nicht einem der beiden daraus entstandenen deutschen Staaten angehören konnte, wurde die sukzessive Vereinnahmung des Ostteils durch die DDR letztlich von den Westmächten de facto geduldet. 1977 kam es dann zum Abbau der Besonderheiten Ost-Berlins gegenüber der DDR. So hieß die Ost-Berliner Verwaltung bis dahin "Magistrat von Groß-Berlin". Zum 1. Januar 1977 wurde zudem das Verordnungsblatt für Groß-Berlin und damit die amtliche Dokumentation der Übernahme von Gesetzen der DDR durch den Ost-Magistrat eingestellt und u. a. wurden die "Kontrollbuden" an der Grenze des Ostsektors von Berlin zur DDR entfernt.
Die drei westlichen Alliierten betonten aber stets den staatsrechtlichen Sonderstatus ganz Berlins, der sich aus der von allen vier Siegermächten ausgeübten Besatzungshoheit ergebe. Schließlich erinnerten die Westmächte die Sowjetunion an "die Einhaltung ihrer Verpflichtungen hinsichtlich Berlins", obgleich seit 1955 eine schrittweise Kaschierung der Rechtslage im Ostsektor zu beobachten war, auch wenn es kein völkerrechtlich verbindliches Dokument gab, durch das dieser vollkommen als Teil der DDR ausgewiesen wurde.
Der Staatsrat der DDR stellte Ost-Berlin im Jahr 1961 mit den Bezirken gleich. Bis zum Ende der DDR bestanden die folgenden Bezirke:
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