Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges und dem daraus folgenden Zusammenbruch der nationalsozialistischen Herrschaft wurden auch die Karten in der Kirchenpolitik neu gemischt. Zunächst begannen sich die in der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ) überwiegenden protestantischen Landeskirchen neu zu organisieren, Kirchenführungen wurden ausgetauscht und neue leitende Organe eingeführt oder wiederbelebt.
Generalsuperintendent Otto Dibelius, Leiter der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg, war hier federführend. Er konnte als einziger Vertreter aus der sowjetischen Besatzungszone bei der Gründung der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD), einem Zusammenschluss aller Landeskirchen in allen Besatzungszonen, mitwirken. Dibelius, der den Nationalsozialismus erst offen unterstützt und dann in der Bekennenden Kirche bekämpft hatte, wurde damit zum wichtigsten Vertreter der evangelischen Kirche der SBZ.
Die Sowjetunion akzeptierte die Autonomie der Kirche und ihrer Rechtsstellung sowie kirchliche Arbeit wie Diakonie, setzte jedoch eine Trennung von Religion und Staat durch. Die Kirchen bekannten sich vorerst weder zur parlamentarischen Demokratie noch zum Kommunismus. Evangelische Christen forderten zuvorderst die Freiheit des Gewissens und distanzierten sich von ideologischem Bekenntniszwang.
Mit Verschärfung des Kalten Kriegs und Gründung der beiden deutschen Staaten Ende der 1940er Jahre erhöhten sich, trotz positiver Zusagen an eine mögliche Zusammenarbeit und verfassungsmäßig garantierter Religionsfreiheit, die Spannungen zwischen Staat und Kirche. Besonders das "Bekenntnis zum dialektischen Materialismus" als Ziel der Bildungsarbeit der SED führte zu Widerstand bei den Kirchenvertretern - sie fürchteten mit dem Überlegenheitsanspruchs der materialistischen Partei-Position eine Degradierung von Religion als geistig und politisch rückschrittlich.
Dibelius machte dies als neuer Ratsvorsitzender der EKD mit einem Hirtenbrief zu Pfingsten 1949 deutlich, in dem er das Staatsgebilde der SBZ anprangerte und auf eine offene Meinungsäußerung drängte. Provozierend verglich er Merkmale der nationalsozialistischen Herrschaft mit der SED, die sich selbst als antifaschistisch verstand. Ein Jahr später bemängelte er vor allem die Situation an den Schulen, wo der Druck auf junge Christen wachse, ihren Glauben zu verleugnen. Dibelius kündigte an, dass die Kirche notfalls kämpfen werde, sollte die Regierung keinen Verzicht direkter oder indirekter Angriffe auf den christlichen Glauben erklären. Die Kirchenleitung wurde daraufhin der Regimefeindlichkeit im Dienst des Auslands beschuldigt.
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