Das Verhältnis zwischen DDR-Staatsführung und christlichen Kirchen war von Anfang an schwierig und voller Spannungen. Der atheistische Marxismus-Leninismus, die Staatsideologie der DDR, postulierte ein Verschwinden von Religion auf dem Weg zum Kommunismus, auf dem sich die SED sah. Die Kirchen waren für den Staat schon aus diesem Grund ideologische Gegner (Religion als "Opium des Volkes"), auch wenn in der DDR-Kirchenpolitik immer wieder harmonisierende Tendenzen vorhanden waren.
Außerdem waren für den Staat die zwar im Laufe der Zeit schwächer werdende, aber gleichwohl stets hohe Verbundenheit mit den westdeutschen Kirchen ein großes Problem. Bis 1969 waren die Evangelischen Landeskirchen immer noch gesamtdeutsch in der Evangelischen Kirche in Deutschland organisiert. Wegen des erheblichen politischen Drucks, zunehmender organisatorischer Probleme, aber auch wegen zunehmender Unterschiede in der alltäglichen kirchlichen Arbeit in beiden Ländern gründete sich 1969 der Bund der Evangelischen Kirchen in der DDR (BEK).
Die Kirchen konnten ihre eigenen Verhältnisse weitgehend eigenständig regeln. Es gab kirchliche Verlage und Zeitungen sowie eine Vielzahl von sozialen Diensten und Institutionen. Sie waren zudem auch bedeutende Flächeneigner und betrieben Landwirtschaft. Allein der Großprivatwald machte über 30.000 ha Fläche aus und bedingte eine bedeutende kirchliche Forstverwaltung mit eigenen Trachten und Abzeichen.
Dennoch versuchte die DDR, den Einfluss der Kirchen zurückzudrängen und vor allem junge Menschen kirchlichem Einfluss zu entziehen. Konfliktfelder waren der Streit um den Religionsunterricht, die Einführung der Jugendweihe, kirchliche Jugendarbeit, die Zulassung der Kinder von christlichen Eltern bzw. Kirchenmitarbeitern zur Erweiterten Oberschule (EOS) und die Einführung des Wehrunterrichts. Christlich konnotierte Begriffe und Formulierungen wurden im Sprachgebrauch von Verwaltung, Schulen und Universitäten durch neutrale Formulierungen ersetzt. Einige Christen sprachen vom "Kirchenkampf" mit der SED-Führung - eine Anspielung auf den Kirchenkampf in der Zeit des Nationalsozialismus.
Religionsfreiheit war in der DDR-Verfassung festgeschrieben und wurde formal auch gewährt. Dennoch unterlagen Christen verschiedenen Repressionen. Förderung religiöser Gemeinschaften fand von staatlicher Seite aus nicht statt. Es gab eine sehr strikte Trennung von Kirche und Staat. Von staatlicher Seite war das Staatssekretariat für Kirchenfragen beim Ministerrat der DDR zuständig. Staatssekretäre waren in zeitlicher Folge Werner Eggerath, Hans Seigewasser, Klaus Gysi und zuletzt Kurt Löffler. In der Wendezeit wurde das Staatssekretariat aufgewertet, von November 1989 bis April 1990 war Lothar de Maizière Minister für Kirchenfragen.
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