Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges und dem daraus folgenden Zusammenbruch der nationalsozialistischen Herrschaft wurden auch die Karten in der Kirchenpolitik neu gemischt. Zunächst begannen sich die in der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ) überwiegenden protestantischen Landeskirchen neu zu organisieren, Kirchenführungen wurden ausgetauscht und neue leitende Organe eingeführt oder wiederbelebt.
Mit Verschärfung des Kalten Kriegs und Gründung der beiden deutschen Staaten Ende der 1940er Jahre erhöhten sich, trotz positiver Zusagen an eine mögliche Zusammenarbeit und verfassungsmäßig garantierter Religionsfreiheit, die Spannungen zwischen Staat und Kirche. Besonders das "Bekenntnis zum dialektischen Materialismus" als Ziel der Bildungsarbeit der SED führte zu Widerstand bei den Kirchenvertretern - sie fürchteten mit dem Überlegenheitsanspruchs der materialistischen Partei-Position eine Degradierung von Religion als geistig und politisch rückschrittlich.
Die SED versuchte eine eigenständige Kirchenpolitik zu entwickeln. In einem Grundsatzdokument an SED-Organe über "Die Politik der Partei in Kirchenfragen" 1954 wurde diese formuliert: Ziel war es, "Aufklärungsarbeit" bei der christlichen Bevölkerung zu leisten und sie für Partei und Massenorganisationen zu gewinnen. Das Papier unterschied hierbei zwischen staatstreuen christlichen Mitgliedern, deren religiöse Gefühle geachtet und die per Überzeugungskraft gewonnen werden sollten, und der Kirchenorganisation mit ihrer Leitung, die sie als "reaktionäre Kräfte" isolieren und bekämpfen wollte.
Nachdem die Staatsführung bereits 1958 die Beziehungen zur EKD abgebrochen hatte, begann 1967 eine massive Agitation gegen den Zusammenschluss, die das Ende der gesamtdeutschen Kirche forderte. Auch aufgrund erschwerter Zusammenarbeit durch den eingeschränkten Grenzverkehr und mit dem Ziel einer stärkeren Kooperation untereinander, entschieden sich die ostdeutschen Landeskirchen 1969 für die Gründung einer neuen Dachorganisation, dem Bund der Evangelischen Kirchen in der DDR (BEK).
Eine wachsende Zahl Ausreisewilliger beanspruchte Beistand und Hilfe von der Kirche, die somit in einen Konflikt mit der von ihr unterstützten Entspannungspolitik gegenüber der DDR-Staatsführung geriet. Die Kirche sicherte mehrfach zu, dass die Aktivitäten nicht gegen den sozialistischen Staat gerichtet seien. Doch unter dem Eindruck von Glasnost und Perestroika kam es zu immer weiteren politischen Eigeninitiativen, an denen auch Kirchenvertreter beteiligt waren. Die Friedensgruppen diskutierten Mitte der 80er Jahre über Themen wie Umweltschutz und Ausreise. Die Umwelt-Bibliothek in Berlin-Ost wurde zu einem bedeutenden Treffpunkt für Umwelt- und Friedensaktivisten. Eine Stasi-Razzia 1988 wurde von der Kirche scharf verurteilt, die die teils oppositionellen Tätigkeiten deckte.
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